人杯狀病毒的檢測
一、ELISA檢測人杯狀病毒
采用IDEIA? Norovirus試劑盒(DakoCytomation公司),僅限于檢測人杯狀病毒中的諾如病毒(屬)GⅠ和GⅡ型。
(一)檢測前準備工作
1.糞便標本處理:加入1ml樣品稀釋液(sample diluent)至1.5ml EP管中,加入0.1g固體糞便標本或0.1ml液體糞便標本,置于漩渦震蕩器混勻,室溫靜置10min,室溫下≥5000rpm離心5min。
2.陰性對照:將1ml樣品稀釋液(sample diluent)加至標記好的小瓶中作為陰性對照。
3.陽性對照:1ml對照稀釋液(control diluent)溶解陽性對照,使用前混勻。
4.洗液的配制:1倍體積的洗液濃縮液,加9倍體積的去離子H2O。當天用當天配。
(二)標本檢測
1. 將需要數量的微孔板置于微孔板架上。
2. 每孔加入100μl 10%便懸液或陰性對照或陽性對照(每次檢測均需加一個陽性對照和一個陰性對照),20~30℃靜置60±5min。
3. 每孔加入2滴(或100μl)酶結合物(conjugate),用槍頭輕柔混勻。
4. 每孔加入350μl洗液,洗5次,在衛生紙上拍干。
5. 每孔加入2滴(或100μl)底物液(Substrate),20~30℃靜置30min。待藍色顯現后迅速觀察顏色。
6. 每孔加入2滴(或100μl)終止液(Stop solution),充分混勻。
7. 讀取OD450值,打印輸出或記錄OD值。結果必須在加入終止液后30min內讀取。
(三) 檢測結果的判定:
1. 陰性對照:肉眼觀察無色或OD450值<0.15。
2. 臨界值:OD450值=陰性對照OD450值+0.10。
3. 陽性對照:肉眼觀察呈現獨特的藍色或OD450值>0.50。
4. 標本:肉眼觀察藍色比陰性對照顏色深判定為陽性,肉眼觀察無色判定為陰性;或者OD450值大于臨界值判定為陽性,小于臨界值判定為陰性,OD450值在臨界值±0.01范圍內判定為可疑,應重復檢測。
(四)注意事項:
1.打開后的96微孔板應置于可封口的有干燥劑的口袋中貯存于2~8℃,打開后6周內用完。
2.終止液中含0.3mol/L硫酸,避免接觸到皮膚和粘膜。如果終止液接觸到這些部位立即用水沖洗。
3.未用完的陽性對照可在2~8℃貯存1個月,長期貯存應分裝存于-20℃。
4.底物液避光保存,不要使用已經變藍的底物液。
5.避免污染。
二、人杯狀病毒RT-PCR檢測
可以同時檢測出人杯狀病毒中諾如病毒(屬)和扎如病毒(屬)。
(一)病毒RNA提取:
1.提取前的準備工作:
(1) 將1ml Buffer AVL加入裝有低壓凍干的Carrier RNA中,徹底溶解Carrier RNA后,將溶有Carrier RNA的Buffer AVL轉入至Buffer AVL瓶中,徹底混勻。分裝貯存于2~8℃。如果在2~8℃時,Buffer AVL/Carrier RNA溶液形成沉淀,可在80℃重新溶解,注意加熱的時間不能超過5min,用前冷卻至室溫。Buffer AVL/ Carrier RNA溶液不能加熱超過6次。
(2) 加入合適比例的96~100%的酒精至Buffer AW1中,19ml的Buffer AW1加入酒精25ml。
(3) 加入合適比例的96~100%的酒精至Buffer AW2中,13ml的Buffer AW2加入酒精30ml。
2.病毒RNA的提取:
(1) 在1.5ml EP管中加入560μl 已加入Carrier RNA的Buffer AVL。
(2) 將140μl 10%便懸液加入至EP管中的Buffer AVL中,vortex混勻15sec。
(3) 室溫(15~25℃)孵育10min。
(4) 將1.5ml EP管輕微離心,以去除管內的液滴。
(5) 在管內加入560μl 96~100%的酒精,vortex混勻15sec。混勻后,將1.5ml EP管輕微離心,以去除管內的液滴。
(6) 小心的將630μl步驟5中的溶液加入至已放入至2ml收集管中的QIAamp離心柱中,注意不要弄濕柱子邊緣。蓋上蓋子,8000rmp離心1min。將QIAamp離心柱放置至另一干凈的2ml收集管中,棄去包含有濾過液的收集管。
(7) 小心打開QIAamp離心柱的蓋子,重復步驟6。
(8) 小心打開QIAamp離心柱的蓋子,加入500μl Buffer AW1。蓋上蓋子,8000rmp離心1min。將QIAamp離心柱放置至另一干凈的2ml收集管中,棄去包含有濾過液的收集管。
(9) 小心打開QIAamp離心柱的蓋子,加入500μlBuffer AW2。蓋上蓋子,14,000rmp離心3min。棄去收集管中的濾過液,14,000rmp離心空柱子1min。
(10)將QIAamp離心柱放置入干凈的1.5ml離心管中。棄去包含有濾過液的收集管。小心打開QIAamp離心柱的蓋子,加入60μl Buffer AVE至離心柱中,蓋上蓋子,室溫孵育1min。8000rmp離心1min。(2×40μl的Buffer AVE洗脫兩次,能增加產量。)病毒RNA進行反轉錄,或貯存于-20℃或-70℃備用。
(二)人杯狀病毒ssRNA的反轉錄:
在0.2mlEP管中配制如下逆轉錄體系。
10×緩沖液 2.5 μl
25 mM MgCl2 4 μl
2.5mM dNTPs 5μl
1% BSA 2.5μl
0.2 μg/ μl引物289混合液 1μl
10 U/μl AMV-RT 0.35μl
50 U/μl RNasin 0.1μl
DEPC處理H2O 8.05μl
RNA 1.5μl
共25μl,混勻,輕微離心,42℃反轉錄1hr。
(三)人杯狀病毒cDNA PCR擴增
在0.2ml EP管中配制如下PCR體系:
10×緩沖液 5μl
25mM MgCl2 4μl
10mM dNTPs 1μl
0.2 μg/ μl引物289混合液 1μl
0.1μg/ μl引物290混合液 1μl
5 U/μl Taq酶 0.4 μl
DEPC處理H2O 29.6μl
cDNA 8μl
共50μl,混勻,輕微離心,放入PCR儀中擴增,反應條件:94℃變性3min后,94℃ 60s,58℃1min20s,72℃1min,進行30個循環,72℃延伸10min。反應結束后1.5%瓊脂糖凝膠電泳或4℃保存PCR產物。
表1 人杯狀病毒RT-PCR所用的引物
| 引物 |
位置 |
方向 |
核酸序列(5’–3’) |
| 289H |
4865-4886 |
- |
TGACGATTTCATCATCACCATC |
| 289I |
4865-4886 |
- |
TGACGATTTCATCATCCCCGTC |
| 290H |
4568-4590 |
+ |
GATTACTCCAGGTGGGACTCCAC |
| 290I |
4568-4590 |
+ |
GATTACTCCAGGTGGGACTCAAC |
| 290J |
4568-4590 |
+ |
GATTACTCCAGGTGGGATTCAAC |
| 290K |
4568-4590 |
+ |
GATTACTCCAGGTGGGATTCCAC |
(四)檢測結果的判定:
取15μl RT-PCR擴增產物在1.5%瓊脂糖凝膠上電泳。人杯狀病毒諾如屬擴增產物大小為319bp,扎如屬擴增產物大小為331bp。
(五)注意事項:
1. 槍頭避免觸及QIAamp離心柱的濾過膜。
2. 避免污染。應該戴手套進行操作。PCR實驗室應該分為3個區:試劑準備區,樣品準備區,擴增和檢測區。
3. EB可能致癌,必須小心操作,劃定EB污染區。
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