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感染性腹瀉的臨床表現可分為二大類：炎癥性腹瀉及分泌性腹瀉。

炎癥性腹瀉為病原體侵襲上皮細胞，引起炎癥而致的腹瀉。常伴有發熱，糞便多為粘液便或粘液血便，糞便的顯微鏡檢查見有較多的紅、白細胞。屬于此類感染性腹瀉的除細菌性痢疾外，還有侵襲性大腸桿菌腸炎、腸出血性大腸桿菌腸炎、彎曲菌腸炎、小腸結腸炎耶爾森氏菌腸炎等。

分泌性腹瀉指病原體或其產物作用于腸上皮細胞，引起腸液分泌增多和/或吸收障礙而導致的腹瀉。病人多不伴有發熱，糞便性狀為稀便或水樣便，糞便的顯微鏡檢查多無細胞，或可見少許紅、白細胞。屬于此類腹瀉的除霍亂外，還有腸產毒性大腸桿菌腸炎、致瀉性弧菌腸炎、非O1/非O139霍亂弧菌腸炎、輪狀病毒腸炎、隱孢子蟲腸炎，以及常以食物中毒形式出現的臘樣芽胞桿菌腹瀉，金黃色葡萄球菌腹瀉等。