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乙腦病毒屬于蟲媒病毒黃病毒科黃病毒屬。毒粒為球形，有包膜，直徑20-30nm，為二十面體結構。基因是正鏈單股RNA，包裝于病毒核衣殼中，外層為脂膜（包膜）。包膜中有糖基化蛋白E和非糖基化蛋白M。E蛋白是主要抗原成分，具有特異性中和以及血凝抑制抗原決定簇。乙腦病毒加熱至56℃30分鐘即可滅活。來蘇水對該病有很強的滅活作用（1% 5分鐘，或5% 1分鐘即可滅活）。對去氧膽酸鈉、乙醚、氯仿等均很敏感。在地鼠腎、C6/36和BHK-21等有明顯致細胞病變作用；乳鼠腦內接種敏感，一般2-3天即可發病死亡，因此目前實驗室常用以上兩種方法分離乙腦病毒。