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百日咳潛伏期一般為7~14天，病程可長達6周。典型的百日咳經(jīng)歷卡他期、痙咳期、恢復(fù)期3個病程。初起表現(xiàn)為呼吸道癥狀，有輕微的咳嗽、鼻炎等，約2周時間，稱為卡他期。其后咳嗽加劇、患兒連續(xù)咳嗽不止、頭頸部靜脈充血，面紅耳赤或上唇紫紺和流鼻涕。隨后咳嗽停止，大量粘液或膿痰由氣管排除，伴有嘔吐，此時由于肺內(nèi)缺氧，不得不吸一口長氣而發(fā)出特殊高調(diào)的雞鳴樣吼聲，如此發(fā)作，每日數(shù)次，多至十次，一般為4~6周，為痙咳期。痙咳期一般不發(fā)燒，如果有高燒，則可能有繼發(fā)感染。最常見的合并癥為肺炎，是百日咳患者死亡的主要原因。進入恢復(fù)期，咳嗽次數(shù)明顯減少，至咳吐消失，逐漸恢復(fù)正常。但有百日咳疫苗接種史的兒童和成人，癥狀一般不典型。新生兒及小月齡嬰兒的初次感染沒有明顯的痙咳，可表現(xiàn)為呼吸道窒息和咳嗽發(fā)作。