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目前已知引起腹瀉的病原體有數十種之多，但國內報告以細菌性和病毒性腹瀉占多數。雖然不同自然環境和生產、生活方式不同的地區，引起腹瀉病的主要病原體有所不同，但總體上居首位的是志賀氏菌及輪狀病毒，第二位是腸致瀉性大腸桿菌，第三位是空腸彎曲菌及沙門氏菌，第四位及第五位是非O1/非O139群霍亂弧菌，其他致瀉性弧菌和小腸結腸炎耶爾森氏菌。

病毒性腹瀉在感染性腹瀉中占有重要的比例，其病原體包括輪狀病毒、腺病毒、星狀病毒、小圓病毒、杯狀病毒等，目前在國內病毒性腹瀉中檢出的主要病原體是輪狀病毒。

腸致瀉性大腸桿菌目前已發現5種，即1腸致病性大腸桿菌（EPEC），引起嬰幼兒水樣或蛋花湯樣便；2 腸產毒性大腸桿菌（ETEC）引起病人霍亂樣水樣便；3 腸侵襲性大腸桿菌（EIEC），病人發生細菌性痢疾樣便；4 腸出血性大腸桿菌，病人早期為水樣便，后為血便；5 腸集聚性粘附大腸桿菌（EAEC），該菌與小兒頑固性腹瀉有關。

沙門氏菌某些菌型可致人的急性腹瀉和食物中毒暴發。全球已發現2000多個菌型，我國至少已檢出255個型或變異型，其中已知能引起人類致病的有57個型，主要在A～F群內，所以在沙門氏菌血清學鑒定時，可先用A～F多價O血清檢查。鼠傷寒沙門氏菌感染遍及全國各地，該菌在醫院兒科、產科嬰兒室的交叉感染屢有報告。

致瀉性弧菌為重要的病原細菌，在弧菌屬中，把與O1群霍亂弧菌具有共同鞭毛抗原，生化性狀類似，僅菌體抗原不同的弧菌統稱為霍亂弧菌，根據菌體抗原不同，目前已編排到200個以上血清群，除O1/O139群為霍亂的病原體外，其余統稱為非O1/非O139霍亂弧菌，有些能引起散發性腹瀉或食物型暴發。除霍亂弧菌外，發現有多種致病性弧菌，其中擬態弧菌、河弧菌、弗尼斯弧菌、副溶血弧菌、霍利斯弧菌和少女魚弧菌等可引起腸道感染。

近十多年來的研究證明，由空腸、結腸彎曲菌引起的腸炎分布較廣，可引起人的，也可引起一些家畜或家禽的腹瀉，其主要癥狀有發熱、腹瀉和腹痛，少數有嘔吐，與細菌性痢疾相似，但病情較輕，本病的癥狀和糞便性狀缺乏特征性，故確診只能依靠病原體的分離培養和鑒定。

小腸結腸炎耶爾森氏菌病是近些年來國際上受到重視的一種新腸道傳染病，在各大洲均有發現，我國已從人群、動物及外環境分離出小腸結腸炎耶爾森氏菌，證明本病在我國廣泛分布，該菌主要引起急性腸炎或急性胃腸炎。

賈第蟲病是由藍氏賈第鞭毛蟲所致，以兒童多見，多在夏秋季發病，該蟲寄生于腸道，可引起腹瀉、腹痛、吸收不良和粘液性大便。隱孢子蟲能引起隱孢子蟲病，該病是人獸共患疾病，呈世界性分布。